Pada jaman ini perkara pidana disidangkan oleh Landraad Ternate yang bersidang di Labuha, sedangkan untuk Peradilan Perdata diselesaikan oleh Peradilan Kerajaan Bacan yang dipimpin oleh Djogugu (Sekretaris Kerajaan) dan Ompu Jurutulis Ra, non Islam oleh Sangaji.
Tahun 1945 sampai dengan 1964 untuk Pidana disidangkan oleh Lanraad Ternate yang bersidang di Labuha. Sedangkan untuk Peradilan Perdata diselesaikan oleh Kepala Kantor Urusan Agama Labuha, karena hukum adat bacan bernafaskan Hukum Islam.
Pada tahun 1965 Pengadilan Negeri Labuha diresmikan dibawah wilayah hukum Pengadilan Tinggi Makassar. Pada tahun 1966 semenjak Pengadilan Tinggi Ambon dibentuk yang merupakan pemekaran dari Pengadilan Tinggi Makassar berdasarkan UU No. 4 Tahun 1966 semenjak itu Pengadilan Negeri Labuha dibawah wilayah hukum Pengadilan Tinggi Ambon.ada tahun 1999 terjadi pemekaran wilayah Maluku menjadi Provinsi baru Maluku Utara sehingga dibentuk lagi Pengadilan Tinggi Maluku utara berdasarkan UU No.11 Tahun 2004 maka sejak itu sampai dengan sekarang Pengadilan Negeri Labuha berada dibawah wilayah hukum Pengadilan Tinggi Maluku Utara.
Adapun nama-nama Ketua / Kepala Pengadilan Negeri Labuha dari Tahun 1965 sampai dengan Sekarang adalah sebagai berikut :
- Nasikun, (1965 s.d 1970)
- Mulkan Ludfi, SH. (1970 s.d 1975)
- A.R Sarjono, SH. (1975 s.d 1980)
- Bastari Arpan, SH. (1980 s.d 1985)
- MWL. Watimena, SH. (1985 s.d 1988)
- Arsyad Imam, SH. (1988 s.d 1990)
- A. Gasperz, SH. (1990 s.d 1999)
- A. Patiasina, SH. (1999 s.d 2000)
- Ketut Manika, SH. (2000 s.d 2004)
- IGK. Adynatha, SH. M.Hum. ( 2004 s.d 2006)
- I. Gab. Komang Wijaya Adhi, SH. MH. (2007 s.d 2009)
- H. Hendri Agus Jaya, SH. (2009 s.d 2011)
- Ardi, SH. (2011 s.d 2013)
- Hapsoro Restu Widodo, SH. (2013 s.d 2015)
- Kelik Trimargo, SH, MH.( 2015 s.d 2016)
- Ferry Marcus Justinus Sumlang, S.H. (2016)
- Halima Umaternate, S.H., M.H..(2016 s.d 2018)
- Achmad Rasjid, S.H. ( 2018 s.d 2021)
- Erni Lily Gumolili,S.H.,M.H ( 2021 s.d 2022)
- Eduward, S.H., M.H. (2022 s.d sekarang)